Dodávaná pitná voda musí být zabezpečena tak, aby byla mikrobiologicky nezávadná. Proto se voda na výstupu z vodáren desinfikuje za účelem eliminace jakéhokoliv mikrobiologického a biologického znečištění. Při distribuci, se ale může vyskytnout sekundární kontaminace, proto se pitná voda dochlorovává ve vodojemech (případně přímo i ve vodovodní síti). Dávka dodávaného chloru se řídí vyhláškou č. 252/2004 Sb. v platném znění (maximální hodnota 0,3mg/l). Tento limit námi dodávaná voda naplňuje jen v řádu procent více. 

Další v ČR používáné prvky pro desinfekci:

• chlorňany
• chloraminy
• oxid chloričitý
• ozón
• UV záření
• membránová filtrace